薬理学教室は、順天堂が新設大学となったときに創設された。初代教授は板東丈夫(故人)である。駆虫薬の研究、骨格筋の筋緊張を調節する神経系γ線維、平滑筋の生理・薬理、生体モノアミン等の研究を行った(1953年5月-1976年3月)。第二代は小川靖男 教授（1976年4月-2005年3月）、メインテーマは筋細胞のCa2+ homeostasis及びCa2+により制御される反応の調節機構であった。2004年4月に大学院医学研究科 「細胞・分子薬理学」が開設された。2006年9月、櫻井隆が教授に就任した。